好不容易聚在一起的克隆人姐妹面临新的威胁。正当Sarah和同伴们开始拼凑阴暗的Dyad研究所背后的复杂阴谋时，她们发现了“Castor计划”。这是一个绝密军事项目，正在制造训练有素的男性克隆人。在无情的Coady 博士的监视下，“Castor计划”的克隆人每一个都是专注且致命的士兵。但是，是谁创造了他们，更重要的是，为什么目的而创造？ Sarah的乌克兰双胞胎Helena在Castor牢房中苦苦挣扎，感觉自己被刚刚和解的家人抛弃。与此同时，Alison开始了一项利润丰厚但却险恶的新业务，而Cosima发现了合成序列的关键，可以让所有人都得救……
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